一、根據《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》(國令第707號)第六條第四款規定：“特許權使用費所得，是指個人提供專利權、商標權、著作權、非專利技術以及其他特許權的使用權取得的所得;提供著作權的使用權取得的所得，不包括稿酬所得。”

二、根據《國家稅務總局關于發布<個人所得稅扣繳申報管理辦法(試行)>的公告》(國家稅務總局公告2018年第61號)第八條規定：“扣繳義務人向居民個人支付勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得時，應當按照以下方法按次或者按月預扣預繳稅款：

勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除費用后的余額為收入額;其中，稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。

減除費用：預扣預繳稅款時，勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得每次收入不超過四千元的，減除費用按八百元計算;每次收入四千元以上的，減除費用按收入的百分之二十計算。

應納稅所得額：勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為預扣預繳應納稅所得額，計算應預扣預繳稅額。勞務報酬所得適用個人所得稅預扣率表二(見附件)，稿酬所得、特許權使用費所得適用百分之二十的比例預扣率。

居民個人辦理年度綜合所得匯算清繳時，應當依法計算勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得的收入額，并入年度綜合所得計算應納稅款，稅款多退少補。”

因此，自然人轉讓商標所有權屬于特許權使用費所得，應以所得以收入減除費用后的余額為收入額，按百分之二十的比例預扣率計算稅額。并在辦理年度綜合所得匯算清繳時，應當依法計算勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得的收入額，并入年度綜合所得計算應納稅款，稅款多退少補。