1、申請撤銷連續三年停止使用的注冊商標的方式：任何人或組織，可以向商標局提供相關證據，提出撤銷申請，商標局受理后應當通知商標注冊人，商標注冊人應當自收到通知之日起2個月內提交相關證據證明不存在三年連續未使用，或未使用的法定事由等事實，否則，商標局應當撤銷其注冊商標。 2、法律依據：《中華人民共和國商標法實施條例》 第六十六條 有商標法第四十九條規定的注冊商標無正當理由連續3年不使用情形的，任何單位或者個人可以向商標局申請撤銷該注冊商標，提交申請時應當說明有關情況。商標局受理后應當通知商標注冊人，限其自收到通知之日起2個月內提交該商標在撤銷申請提出前使用的證據材料或者說明不使用的正當理由;期滿未提供使用的證據材料或者證據材料無效并沒有正當理由的，由商標局撤銷其注冊商標。 前款所稱使用的證據材料，包括商標注冊人使用注冊商標的證據材料和商標注冊人許可他人使用注冊商標的證據材料。 以無正當理由連續3年不使用為由申請撤銷注冊商標的，應當自該注冊商標注冊公告之日起滿3年后提出申請。