1、查詢的準確性無法得到絕對的保障，任何國家和機構都不保證查詢的絕對準確性.2、從查詢的范圍上看，某些國家只能查文字及數字商標，不能查圖形商標。3、新提交的申請要經過一段時間才能供人查詢。新提交的申請通常要等數星期才能獲得官方的收據。4、要求優先權的申請可能對查詢之后提交的申請構成障礙。5、較難查明跨類近似的商標。在多數國家，查詢是按照商品及服務的分類進行的，但在《商標注冊用商品及服務國際分類》及其它一些國家或地區的分類中，都存在著跨類近似的問題。6、可能構成障礙的馳名商標不在查詢的范圍內。根據《巴黎公約》的規定，對未注冊的馳名商標應加以保護，而某個商標是否馳名，要由各國商標主管當局或法院根據具體情況去判定。